La Biomasse Microbienne Moléculaire (BMM) - Historique des versions

Admin : /* La méthode d’analyse */

2023-12-18T10:56:57Z

‎La méthode d’analyse

Admin : /* La méthode d’analyse */

2023-12-18T10:56:24Z

‎La méthode d’analyse

Admin : /* La méthode d’analyse */

2023-12-18T10:56:15Z

‎La méthode d’analyse

Admin : /* Comment interpréter la Biomasse microbienne moléculaire ? */

2023-12-18T10:55:07Z

‎Comment interpréter la Biomasse microbienne moléculaire ?

Admin : /* Comment interpréter la Biomasse microbienne moléculaire ? */

2023-12-18T10:53:25Z

‎Comment interpréter la Biomasse microbienne moléculaire ?

Admin : /* Pourquoi mesurer la Biomasse microbienne moléculaire ? */

2023-12-18T09:35:51Z

‎Pourquoi mesurer la Biomasse microbienne moléculaire ?

Admin : /* Pourquoi mesurer la Biomasse microbienne moléculaire ? */

2023-12-18T09:34:08Z

‎Pourquoi mesurer la Biomasse microbienne moléculaire ?

Admin : /* Pourquoi mesurer la Biomasse microbienne moléculaire ? */

2023-12-18T09:33:45Z

‎Pourquoi mesurer la Biomasse microbienne moléculaire ?

Admin le 18 décembre 2023 à 09:32

2023-12-18T09:32:42Z

Admin : /* Comment interpréter la Biomasse microbienne moléculaire ? */

2023-12-18T09:31:35Z

‎Comment interpréter la Biomasse microbienne moléculaire ?

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 [[Fichier:PhotoADN1.jpg]]
 ''Lysat de sol avant l’extraction de l’ADN''
 [[Fichier:Photo-quantificationADN.jpg]]
 ''Quantification de l’ADN sur gel d’agarose par électrophorèse''

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−	[[Fichier:PhotoADN1.jpg]] ~~[[Fichier:Photo-quantificationADN.jpg]]~~	+	[[Fichier:PhotoADN1.jpg]]
−	''Lysat de sol avant l’extraction de l’ADN'' ~~''Quantification de l’ADN sur gel d’agarose par électrophorèse''~~	+	''Lysat de sol avant l’extraction de l’ADN''

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 L’ADN total est extrait selon la norme NF EN ISO 11063 (2020), adaptée de Terrat et al, 2015 (https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01215318). A réception au laboratoire, l’échantillon est tamisé frais à 2 mm, puis séché à l’air. L’ADN des microorganismes est extrait à partir d’1 g de terre séchée et quantifié par électrophorèse sur gel d’agarose. La biomasse microbienne moléculaire est alors estimée à partir de cette quantité d’ADN. Elle est exprimée en µg d’ADN/g de sol.
 [[Fichier:PhotoADN1.jpg]]
-''Lysat de sol avant l’extraction de l’ADN''
+[[Fichier:PhotoADN1.jpg]]                                                     [[Fichier:Photo-quantificationADN.jpg]]

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-[[Fichier:interpretationBMM.jpg]]
+[[Fichier:interpretationBMM.jpg|center]]
-''Exemple de visualisation de l’interprétation du bioindicateur BMM
+<CENTER>Exemple de visualisation de l’interprétation du bioindicateur BMM</CENTER>
-''
 ==  Les effets des pratiques culturales ==

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-[[Fichier:UsageBMM.jpg]]
+[[Fichier:UsageBMM.jpg|center]]
-''Effet des grands modes d’usage sur la BMM''
+<CENTER>Effet des grands modes d’usage sur la BMM</CENTER>
-[[Fichier:VALEURBMM.jpg]]
+[[Fichier:VALEURBMM.jpg|center]]
-''Gamme de valeurs de la BMM par usage''
+<CENTER>Gamme de valeurs de la BMM par usage</CENTER>
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 ''Exemple de visualisation de l’interprétation du bioindicateur BMM
 ''
 ==  Les effets des pratiques culturales ==

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 Les microorganismes interviennent dans des fonctions essentielles à la fertilité des sols :
-	La biomasse microbienne moléculaire est une mesure directe de la vie du sol.
+•	Dynamique des nutriments et du carbone : décomposition des matières organiques, minéralisation N, P, S ;
-	Ce n’est pas une mesure d’activité, mais elle renseigne sur la taille du moteur microbien et son potentiel de fonctionnement (minéralisation des éléments nutritifs et structuration du sol).
+•	Agrégation et stabilisation de la structure du sol : sécrétion de mucilages et développement des hyphes ;
-	C’est un indicateur précoce de la réponse des microorganismes du sol à un changement de pratique culturale.
+•	Dégradation des polluants organiques (pesticides, hydrocarbures, ...) et transformation des éléments métalliques ;
-	Elle permet de renseigner sur la qualité des habitats microbiens et sur la disponibilité des ressources nutritives du sol.
+•	Contrôle biologique des bioagresseurs.

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	 C’est un indicateur précoce de la réponse des microorganismes du sol à un changement de pratique culturale.		 C’est un indicateur précoce de la réponse des microorganismes du sol à un changement de pratique culturale.
	 Elle permet de renseigner sur la qualité des habitats microbiens et sur la disponibilité des ressources nutritives du sol.		 Elle permet de renseigner sur la qualité des habitats microbiens et sur la disponibilité des ressources nutritives du sol.
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 '''''Références bibliographiques :'''''
 ''
--	Balloy B., Bispo A. Bouthier A., Chenu C., Cluzeau D., Degan F., Metzger L., Tour d’horizon des indicateurs relatifs à l’état organique et biologique des sols, version du 27 octobre 2017, 61 p.
+- Balloy B., Bispo A. Bouthier A., Chenu C., Cluzeau D., Degan F., Metzger L., Tour d’horizon des indicateurs relatifs à l’état organique et biologique des sols, version du 27 octobre 2017, 61 p.
 -	Dequiedt, S., Saby, N. P. A., Lelièvre, M., Jolivet, C., Thioulouse, J., Toutain, B., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard, L. (2011). Biogeographical patterns of soil molecular microbial biomass as influenced by soil characteristics and management. Global Ecology and Biogeography, 20(4), 641–652. https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2010.00628.x
--	Gis Sol. 2011. L’état des sols de France. Groupement d’intérêt scientifique sur les sols, 188 p.
+- Dequiedt, S., Saby, N. P. A., Lelièvre, M., Jolivet, C., Thioulouse, J., Toutain, B., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard, L. (2011). Biogeographical patterns of soil molecular microbial biomass as influenced by soil characteristics and management. Global Ecology and Biogeography, 20(4), 641–652. https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2010.00628.x
 -	Horrigue, W., Dequiedt, S., Prévost-bouré, N. C., Jolivet, C., Saby, N. P. A., Arrouays, D., Bispo A., Maron P.A., Ranjard, L. (2016). Predictive model of soil molecular microbial biomass. Ecological Indicators, 64, 203–211. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2015.12.004
--	NF EN ISO 11063:2020 Qualité du sol - Extraction directe de l’ADN du sol
+- Gis Sol. 2011. L’état des sols de France. Groupement d’intérêt scientifique sur les sols, 188 p.
 -	Karimi B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Terrat S., Ranjard L., 2018 – Atlas français des bactéries du sol. Biotope, Mèze, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris, 192 p.
--	Terrat S., Plassart P., Bourgeois E., Ferreira S., Dequiedt S., et al.. Meta-barcoded evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure to characterize soil bacterial and fungal community diversity and composition. Microbial Biotechnology, 2015, 8 (1), pp.131-142. ff10.1111/1751-7915.12162ff. ffhal-01215318f''
+- Horrigue, W., Dequiedt, S., Prévost-bouré, N. C., Jolivet, C., Saby, N. P. A., Arrouays, D., Bispo A., Maron P.A., Ranjard, L. (2016). Predictive model of soil molecular microbial biomass. Ecological Indicators, 64, 203–211. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2015.12.004

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-TABLEAUEFFET.jpg
+[[Fichier:TABLEAUEFFET.jpg]]
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 Ces paramètres physico-chimiques explicatifs permettent d’estimer une valeur de référence de la biomasse microbienne pour chaque parcelle analysée. La comparaison de cette valeur de référence avec la valeur mesurée permet d’émettre un diagnostic de l’impact des pratiques culturales sur l’abondance microbienne (Balloy et al., 2017).
-interpretationBMM.jpg
+[[Fichier:interpretationBMM.jpg]]
 ==  Les effets des pratiques culturales ==